În 1990, cu ocazia începerii lucrărilor de amenajare a terenului în vederea reconstruirii bisericii de la Sihăstria Putnei, au fost descoperite moaştele ultimilor trei stareți ai mănăstirii, Cuvioșii Sila, Paisie și Natan, sihaștri îmbunătățiți care au contribuit la înflorirea sprituală a acestui așezământ monahal și la întărirea viețuirii creștine pe aceste meleaguri.
Schitul Sihăstria Putnei este tot atât de vechi ca şi Mănăstirea Putna. Cel dintâi vieţuitor al schitului a fost monahul Atanasie, un tătar încreştinat, care a primit schima mică la Mănăstirea Putna.
După 1470, când Daniil Sihastrul a plecat în părţile Voroneţului, ucenicii săi – cei care nu l-au urmat – s-au retras la Schitul Sihăstria Putnei unde, pentru a nu mai coborî pentru slujbele zilnice la Mănăstirea Putna, şi-au construit o bisericuţă din lemn.
Nu avem informaţii legate de prima aşezare monahală de la Sihăstria Putnei până spre sfârşitul secolului al XVII-lea, când armatele dezlănţuite ale regelui polon Jan Sobieski (1674-1696) aveau să tulbure liniştea călugărilor. Obştea risipită prin munţi se va întoarce în schit după Pacea de la Karlowitz (1699).
Monahul Lazăr, ucenic al mitropolitului Dosoftei (1671-1686), este considerat primul egumen al schitului; se crede că el a fost cel care, cu sprijinul marelui vistiernic domnesc Ilie Cantacuzino, a ridicat o nouă bisericuţă de lemn, în care abia încăpeau patru-cinci călugări.
Monahului Lazăr i-au urmat monahii Teodosie (†1715) şi Dosoftei (†1753). Nu avem informaţii legate de intervenţiile lor în viaţa acelei sihăstrii. Abia în a doua jumătate a secolului al XVIII-lea, în timpul egumenului Sila (1753-1781), originar din ţinuturile Botoşanilor, care s-a mutat între anii 1710-1715 la Schitul Sihăstria Putnei de la Schitul Orăşeni din judeţul Botoşani, se poate vorbi despre o înnoire a acestui loc.
În timpul egumeniei sale, începând cu anul 1753, cu binecuvântarea mitropolitului Antonie al Moldovei, – mai întâi ca ajutor al bătrânului stareţ Dosoftei, iar după moartea acestuia, cu atribuţii depline –, s-au construit o nouă biserică, din piatră, sfinţită în 1758 de episcopul Dosoftei Herescu de Rădăuți, un corp de chilii şi anexe. De asemenea, s-a sporit viaţa duhovnicească a monahilor. În paralel cu lucrarea de la Sihăstria Putnei, Cuviosul Sila a susţinut şi lucrarea de la Mănăstirea Putna, fiind socotit între ctitorii acesteia din veacul al XVIII-lea.
Cuviosul Sila s-a strămutat la cele veşnice în 1783, în vârstă de 80 ani, după ce – în prealabil, în anul 1781 – predase egumenia ieroschimonahului Natan, originar din ţinutul Paşcani, cu metania în Mănăstirea Putna, fost eclesiarh al mănăstirii. Din călugărie se numea Natanail; a fost duhovnicul mitropolitului Iacob Putneanul. În Bucovina, ca duhovnic, a fost cu adevărat de notorietate. Obştea mănăstirii îl cinstea pentru rigoarea tipiconală a slujbelor. A condus schitul în timpul stăpânirii Imperiului austro-ungar (1775), când starea materială a așezământului monahal s-a înrăutățit, – după cum reiese din însemnările din Cartea de milostenie din 1783 –, iar obștea ajunsese la limita supravieţuirii.
Graniţa dintre Moldova şi Bucovina a devenit un obstacol în plus în ceea ce priveşte aprovizionarea cu cele necesare traiului. În acest sens, Cuviosul Natan a trimis un an întreg, 1782-1783, nenumărate scrisori – Dumnezeu îl înzestrase şi cu darul scrisului/caligrafierii – pentru a cere sprijin material; dar totul a fost în zadar.
S-a mutat la cele veşnice la 26 decembrie 1784, fiind considerat ultimul stareţ oficial al Schitului Sihăstria Putnei.
Egumenia schitului a fost preluată – până la desfiinţarea acestuia (26 august 1786), din porunca stăpânirii străine – de ieroschimonahul Paisie, vieţuitorii fiind transferaţi la Mănăstirea Putna, împreună cu obiectele de cult; multe dintre ele se păstrează fie în depozitul mănăstirii, fie în muzeul acesteia.
Dintr-o mărturie a sa din 30 mai 1765, pe când era deja vieţuitor la Schitul Sihăstria Putnei, aflăm că el, în vremea domniei lui Constantin Cehan Racoviţă (1749–1753; 1756–1757), a fost egumen al Mănăstirii „Sfântul Ilie” din Suceava, de unde a fost mutat la Mănăstirea Râşca, iar de acolo la Sihăstria Putnei. Era considerat a fi un mare previzionar. A trecut la cele veşnice în jurul anului 1790.
La 200 ani de la trecerea lor la cele veşnice, în 1990, cu ocazia începerii lucrărilor de amenajare a terenului în vederea reconstruirii bisericii, au fost descoperite pietrele de mormânt ale stareţilor Sila şi Paisie; din păcate, nu şi cea a stareţului Natan. De asemenea, au fost identificate moaştele celor trei.
Mai întâi a fost găsită piatra de mormânt a Cuviosului Sila, în partea dreaptă a bisericii, la exterior, având inscripţia: „Aici zac oasele ieroschimonahului Sila, care a răposat văleatul 1783, aprilie 23”. La o palmă adâncime în pământ se aflau relicvele sale, galbene, frumoase şi plăcut mirositoare.
Pe aceeaşi latură, lângă naos, a fost aflată piatra de mormânt a Cuviosului Paisie, cu inscripţia: „Aici odihnesc oasele robului lui Dumnezeu Paisie ieroschimonahul; şi a răposat la văleatul 1790”. Sub acea lespede erau osemintele sale pământeşti, de culoarea spicului de grâu copt, emanând o putere harică deosebită.
În interiorul bisericii schitului s-au descoperit relicvele Cuviosului Natan.
Lucrările de refacere a bisericii au durat şase ani (1990-1996). Lăcaşul a păstrat planul iniţial din secolul al XVIII-lea, cu clopotniţa anexată bisericii pe latura de nord, adăugându-i-se doar pridvorul.
Pisania amplasată deasupra uşii care face trecerea din pridvor în pronaos glăsuieşte: „Cu voia Tatălui, cu ajutorul Fiului şi cu săvârşirea Sfântului Duh s-a rezidit Schitul Sihăstria Putnei, cu hramul Bunei Vestiri, veche ctitorie voievodală şi loc de nevoinţă monahală, sub păstorirea Arhiepiscopului Pimen al Sucevei şi Rădăuţilor, stareţ al Mănăstirii Putna fiind arhimandritul Melchisedec, egumen al schitului fiind monahul Sebastian Şcheul, pictor fiind Liviu Dumbravă din Gura Humorului. Slujba târnosirii s-a săvârşit la data de 29 septembrie 1996.”
Din pisanie – pisania fiind o istorie în sinteză a acelui edificiu – lipsesc monahul Natanael Muceniţa, care a aprins scânteia reconstruirii schitului, arhimandritul Iachint Unciuleac, stareţul de la acea vreme al Mănăstirii Putna, în timpul căruia s-a sfinţit locul şi s-au început lucrările de reconstruire, credincioşii şi credincioasele din localităţile Vicov (Laura) şi Straja, care au adunat de pe apa Bodârlăului toată piatra necesară reconstruirii bisericii şi clopotniţei, precum şi numele ierarhilor care au sfinţit biserica. Scăpări neintenţionate!
Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române, în şedinţa de lucru din 6-7 iunie 2016, a hotărât trecerea Cuvioşilor Sila, Paisie şi Natan, care s-au nevoit la Schitul Sihăstria Putnei în veacul al XVIII-lea, în rândul sfinţilor, cu zi de prăznuire 16 mai.