În Cronicile slavo -române găsim ştirea că la 12 octombrie 1449, Bogdan al II -lea, a lovit pe Alexăndrel voievoievod la Tămăşani, lângă târgul Romanului, alungându-l în Polonia împreună cu mama sa.
În istoriografie există încă anumite discuţii referitoare la genealogia lui Bogdan al II -lea. Astfel, J. Długosz în a sa Historiae polonicae libri XIII et ultimus , spunea despre Bogdan al II -lea că îşi zice a fiu natural al lui Alexandru cel Bun.
A.D. Xenopol în a sa Istorie menţiona că Bogdan al II -lea nu apare alături de ceilalţi fii ai lui Alexandru cel Bun în documentele acestuia, presupunând existenţa unei duşmănii între tată şi fiu , fapt prin nimic documentat sau justificat.
Se mai susţine faptul că adevăratul tată al lui Bogdan al II -lea ar fi fost jupanul Bogdan, fratele şi asociatul la domnie al lui Alexandru cel Bun, decedat în 1407, a cărui lespede de mormânt aşezată de Ştefan cel Mare în biserica episcopală de la Rădăuţi consemnează clar că îl numeşte bunic, precizând că acesta era Io Bogdan voievod, fratele lui Alexandru voievod. Se prea poate, ca Ştefan cel Mare, departe de orice necesitate de justificare a legitimităţii sale dinastice, să fi dat prioritate adevărului şi anume recunoscându-l pe adevăratul său bunic, înmormîntat în biserica episcopală de la Rădăuţi.
Poate fi o ipoteză faptul că Bogdasn al II -lea poartă numele tatălui său natural, cum se obişnuia la fii nelegitimi, fie din botez, fie ca nume domnesc, să fi fost cu adevărat un fiu nelegitim al jupanului Bogdan, despre care nu se ştie să fi fost căsătorit.
Se ştie că Bogdan al II -lea era căsătorit cu Maria -Oltea, sora boierului Vlaicu- numele arăta o origine munteană a acesteia – şi avea copii pe Ştefan (viitorul Ştefan cel Mare), Maria şi Sora. În Pomelnicul de la Bistriţa mai apar numele lui Ioachim, Ioan şi Cârstea, care, însă , nu sunt atestaţi şi documentar, probabil au murit mici.
Din documentele emise în domnia sa, fiind vorba de tratatele încheiate cu Iancu de Hunedoara, voievodul şi guvernatorul Ţării Ungureşti, şi scrisorile adresate lui Dietrich Buczacki, înalt demnitar polonez, care era administrator al Cameniţei şi Podoliei, pe atunci, precum şi scrisoarea adresată vicevoievodului Transilvaniei şi braşovenilor, George de Bykal, în care lua apărarea fraţilor Dimitrie şi Dominic de Nyioytod, se desprinde destul de uşor impresia că Bogdan al II-lea a cunoscut direct aceste persoane, ceea ce ar însemna că voievodul nostru, până la înscăunare, s-a aflat cu anumite scopuri în Transilvania şi în Ţara Leşească. Tot de peste hotare, Bogdan al II-lea a stabilit în taină legături cu anumite cercuri boiereşti din Moldova, care să-l susţină la intrarea în ţară în vederea înlesnirii ocupării scaunului domnesc.Unii cercetători au presupus că experienţa militară şi chiar reuşitele sale în campania împotriva lui Alexăndrel, în toamna anului 1449, precum şi în războiul din 1450 contra polonilor, care au intrat în Moldova cu scopul reînscăunării lui Alexăndrel, se datorează participării sale în campaniile militare antiotomane ale lui Iancu de Hunedoara. În afară de aceasta, contactele sale cu negustorii braşoveni, orizontul său politic, de asemenea, ascund îndărătul lor o anumită perioadă de şedere şi de activitate peste hotarele Ţării Moldovei.
Nu a fost o domnie uşoară. În consiliul polon de coroană de la 9 martie 1450, o parte a sfetnicilor nu au ezitat să propună regelui polon o expediţie decisivă în Moldova pe care să o încorporeze pentru totdeauna la Polonia. Dar temerea regelui Cazimir de a se ajunge la o vecinătate directă cu Imperiul otoman, precum şi alte motive, respinge ideea unei expediţii în Moldova, aprobând doar susţinerea reînscăunării lui Alexandrel şi readucerea Moldovei sub ascultarea iagiellonă.
La 24 iunie , din Liow începea marşul armatei polone care, unindu-se la Cameniţa cu detaşamentul lui Alexăndrel, condus de pârcălabul Manoil, ajungea la hotarele Moldovei la începutul lui august 1450.
Domnitorul Bogdan al II -lea, văzând superioritatea numerică a inamicului a evitat o ciocnire decisivă, avasând propuneri de pace ce nu au avut efect.
Bătălia desfăşurată la marginea unui întins codru, cunoscută sub numele Bătălia de la Crasna – in campo qui Krasnopolye appelatur ad torentem Krasnipotok prope oppidum Wasluy – după J. Długosz, a constituit modelul urmat întocmai, dar la scară mai mare, de către Ştefan cel Mare 47 de ani mai târziu, în lupta din 26 octombrie 1497 cu regele Ioan Albert la Codrul Cosminului.
Mulţi nobili de frunte – între care şi fraţii Buczaki – au rămas pe câmpul de luptă.
Înfrângerea polonilor din 6 septembrie 1450 în Moldova, a atras cumplita invazie a tătarilor Hoardei de Aur în Podolia şi Rusia Roşie până la Gródek, dincolo de Liov.
Cu toate că Ţara Moldovei îşi găsise în Bogdan al II -lea conducătorul de vreme multă aşteptat, manevrele politice ale Poloniei i-au grăbit sfârşitul. În atmosfedra de neîncredere faţă de rezultatul unei noi intervenţii militare în Moldova, printre partizanii lui Alexăndrel a apărut ideea înlăturăruii prin viclenie a domnitorului de la Suceava. Autorul ei era Petru Aron , un alt fiu natural al lui Alexandru cel Bun.
Astfel, pe când Bogdan al II -lea se afla într-un sat al unui unchi al aceluiaşi Petru, şi era ameţit de vin, sosind spre sfârşit de noapte numai cu 200 de moldoveni, (Petru, n.n.) a înşelat străjile lui Bogdan, şi prinzând pe Bogdan i-a tăiat capul. Crima aceasta odioasă s-a petrecut la Reuseni – Răusenii din jos de târgul Sucevii (Cronicile slavo – române), în noaptea de 15 spre 16 octombrie 1451, crimă ce nu a adus ţării pacea, ci doar un mormânt domnesc în plus.
Locul mormântului lui Bogdan al II -lea nu a putut fi identificat cu precizie, iar fragmentul din lespedea sa funerară descoperită în 1937, cu urme de var, despre care s- a spus că ar fi slujit şi ca masă de altar, chipurile din respect pentru domnitorul asasinat (N. Grigoraş) se află astăzi la Muzeul Naţional de Istorie din Bucureşti.
Spre sfârşitul domniei sale, în memoria părintelui său Bogdan al II-lea voievod, Ştefan cel Mare a început zidirea unei biserici la Reuseni, conform pisaniei bisericii chiar pe locul unde a fost decapitat tatăl său. Construcţia a fost finisată de Bogdan al III-lea voievod, fiul lui Ştefan cel Mare şi nepot al lui Bogdan al II-lea, în septembrie 1504, fiind sfinţită cu hramul „Tăierea capului Sf. Ioan Botezătorul ”.