Binecredinciosul voievod Ştefan cel Mare şi Sfânt, continuând o veche tradiţie voievodală de înălţare de locaşuri sfinte pe temeliile altora mai vechi, a început la 1 Mai 1488, zi în care este pomenit Sf. Prooroc Irimia, înălţarea unui sfânt locaş închinat Sf. Prooroc Ilie Tesviteanul, ctitorie aşezată la poalele Dealului Crucii înspre Pârâul Şcheii, lucrare terminată la 15 octombrie 1488, după cum glăsuieşte pisania pusă cu grijă de ctitor deasupra uşii de intrare.
Începuturile acestui important lăcaş bisericesc, sunt anterioare, fără îndoială, faţă de ampla activitate constructivă iniţiată de către Ştefan cel Mare, cel care începând din 1487, numai în răstimp de 2 ani a construit patru biserici mănăstireşti: Pătrăuţi şi Milişăuţi în 1487, iar Voroneţul şi Sf. Ilie în 1488.
Istoricul N. Iorga, în cunoscuta sa lucrare Neamul românesc în Bucovina, publicată în 1905, afirma pe baza unor mărturii istorice certe, că această biserică a fost ridicată, în 5 luni şi 15 zile, la îndemnul călugărilor de aici, în vechea vatră de sihăstrie şi în codrul care se întindea la poalele Dealului Crucii, vatră de sihăstrie fondată înainte de 1443 în jurul unei biserici de lemn dovedită şi de cercetările arheologice din secolul trecut.
Despre existenţa unei vetre de sihăstrie cu hramul Sf. Ilie Tesviteanul în prima jumătate a secolului al XV -lea în această zonă ne vorbeşte şi o însemnare în limba slavonă făcută pe un Codex care a aparţinut Cardinalului Ioan de Ragusa, Codex lăsat prin testament Bibliotecii Universităţii din Basel în 1443, fiind se pare vorba de o mănăstire construită de domnitorul Iliaş fiul şi succesorul domnitorului Alexandru cel Bun.
Având în vedere faptul că în decursul timpului Mănăstirea Sf. Ilie a adunat din diferite danii un hotar mare, cum apare în documente, şi-a întemeiat un sat ce a purtat numele după mănăstirea înălţată aici.
În decursul istoriei, această mănăstire a trebuit să facă faţă numeroaselor năvăliri duşmane, având în vedere că se află doar la 1,5 km departare de Cetatea de Scaun Suceava, năvăliri care au afectat viaţa monahală de aici, a dus la risipirea multor odoare ale mănăstirii, odoare cu care a fost înzestrată chiar de ctitori.
Spre exemplu, la nici un deceniu de la sfinţirea acestei biserici, mai precis în 1497, în septembrie, în urma invaziei polonezilor în Ţara Moldovei, aşa cum menţionează în a sa cronică Grigore Ureche, leşii umblau prin păduri de aflau prăzi şi jafuri, neocolind de bună seamă nici Mănăstirea Sf. Ilie. Au urmat apoi alte distrugeri cum ar fi cea în urma expediţiei turcilor conduşi de Soliman Magnificul, în anul 1538, distrugeri în care păgânii pângăresc biserica… distrugând o parte din frescele interioare, ori cea din 1653 când ginerele lui Vasile Lupu, Timuş Hmelniţki, venit să-şi elibereze soacra asediată în Cetatea Sucevei de către trupe moldoveneşti, transilvănene şi poloneze, conduse de domnitorul Gheorghe Ştefan, s-a dedat la jefuirea aşezămintelor mănăstireşti din jurul Sucevei, comportându-se, aşa cum afirma cronicarul Miron Costin nu ca creştinii ce mai mult decât păgânii.
În secolul al XVII -lea biserica mănăstirii a fost reparată şi zugrăvită, dovadă fiind reprezentarea Scării Sf. Ioan Sinaitul, unde într-un sobor de sfinţi, lângă treptele scării lui Ioan Sinaitul apare zugrăvit mitropolitul Varlaam, care binecuvântează Ţara Moldovei din mijlocul turmei sale, dovedind prin această reprezentare iconografică grija sa pentru această mănăstire, dar mai ales să nu uităm, faptul că el a tradus pentru prima dată Scara Sf. Ioan Sinaitul în limba română.
Şi în veacul următor, în vremea lui Duca Vodă mănăstirea a suferit din cauza faptului că tâmplându-se răscoale în ţară …. s-au pustiit acea mănăstire. (N. Iorga)
Cu toate acestea rolul acestei mănăstiri s-a păstrat în decursul timpului, după cum o dovedeşte şi faptul că iată în 1732m domnitorul Moldovei Grigore al II -lea Ghica a poposit şi la Sviatii Prooroc Ilie…. au întins corturili de au zăbovit trii zile…. în anul următor de Bobotează chemând pe egumenul mănăstirii în vederea confirmării stăpânirii asupra proprieăţilor, iar în a doua jumătate a aceluiaşi secol s-a înfiinţat în cadrul mănăstirii o şcoală catehetică, vizitată de arhim. Vartolomeu Măzăreanu în calitatea sa de îndreptător şcoalelor domneşti şi mănăstireşti a Moldovei (D. Dan)
După războiul ruso-turc desfăşurat între 1768 -1774, după ce partea de nord a Moldovei – Bucovina este smulsă de Imperiul habsurgic de la trupul Ţării Moldovei, Mănăstirea Sf. Ilie, ca şi multe alte mănăstiri, este desfiinţată, iar călugării vieţuitori sunt trimişi la Mănăstirea Moldoviţa, iar moşiile mănăstirii vor intra în componenţa Fondului religionar greco – ortodox al Bucovinei, biserica mănăstirii devenind începând din 1785 biserică parohială.
În secolul al XIX -lea se reface zidul împrejmuitor din piatră, cu scopul mărturisit să protejeze biserica, precum şi turnul clopotniţă.
Mănăstirea Sf. Ilie, recent restaurată, a fost creatoarea şi depozitara unor valoroase manuscrise împodobite cu chenare şi frontispicii artistice, parte din ele împrăştiate mai ales după desfiinţarea mănăstirii.
Activitatea culturală de la Mănăstirea Sf. Ilie se confirmă şi prin faptul că aici a existat o importantă bibliotecă în care se aflau o serie de tipărituri cum ar fi de exemplu Divanul sau Gâlceava înţeleptului cu lumea sau giudeţul sufletului cu trupul, izvodit din Vechiul şi Noul Testament în slava şi folosinţa moldovenescului neam de Dimitrie Cantemir, ori un Apostol (Iaşi, 1762), o Evanghelie (Iaşi, 1762), un Penticostarium (Mănăstirea Neamţ, 1753).
Ctitorie voievodală, Mănăstirea Sf. Ilie Suceava, înfrumuseţată şi restaurată în ultimii ani, rămâne un reper în înţelegerea trecutului istoric al Ţării Moldovei, al iconografiei bizantine ştiut fiind faptul că aici, în pronaos, este unica şi completa redare în imagini în a vieţii şi minunilor Sf. Prooroc Ilie.
